要到达迷失岛2的二周目区域，首先必须完成一周目的全部主线流程。一周目通关后，游戏会提示真相尚未揭晓，返回主菜单选择新游戏并确认覆盖存档，体系会保留部分决定因素道具（如蓝色石块、红眼石板等），同时开始二周目唯一内容。二周目的核心差异在于新增了六个蓝色三角石板、一间神庙密室以及工厂内的红珠机关，这些是解开最终真相的必要条件。

二周目初始场景会直接出现一周目未有的红梯子，沿梯子给下可进入新区域。灯塔二层的纸条内容会变为密室开门提示，需按图示收集六个三角石板：第一块在初始废桥处，第二块位于工厂外星人尸体旁，第三块在神庙入口左侧岩石，第四块于火箭二层花盆下方，第五块需用铲子挖掘海边特定位置，第六块则藏在金字塔门口的石碑后。每块石板对应纸条上的固定位置，必须严格按图案摆放才能开始神庙二楼密室。

工厂新增的铁箱机关需放入从金字塔门口获取的红珠，根据神庙密室壁画上睁眼的章鱼触须（第3、5、7、8号位）点亮对应位置。解开后获取铁锥道具，将其带回神庙密室放入光柱，会触发NPC对话并得到四位数字密码4325。此密码用于破解金字塔内部的钢管机关，调整钢管点击次数后即可激活时空门。

最终阶段需结合二周目新增的漂流瓶线索和制作人员名单墙上的图案，将八个数字49180375输入神庙密室圆形机关。该密码源自名单墙图案的触须数量解密，正确输入后铁锥会转化为金色，插入火箭顶端的装置即可完成二周目全部流程。整个经过标准玩家对一周目机制有充分领会，并注意观察环境细节变化。